Betriebsprüfung in der Apotheke: So bereiten Sie sich optimal vor und vermeiden Risiken

Eine Außenprüfung in der Apotheke erfordert Sorgfalt und Vorbereitung. Von Kassenführung bis Rezeptabrechnung – wir zeigen, worauf es ankommt, welche typischen Fehler Sie vermeiden sollten und wie Sie mit professioneller Unterstützung entspannt durch die Prüfung kommen. 

Eine Außenprüfung ist ein Ereignis, das bei vielen Unternehmer:innen, insbesondere Apothekeninhaber:innen, für Nervosität sorgt. Dabei ist eine solche Überprüfung ein Routinevorgang der Finanzverwaltung, der sicherstellen soll, dass alle steuerlichen Pflichten korrekt erfüllt wurden. Dennoch birgt sie Risiken und kann ohne die richtige Vorbereitung kostspielig werden. In diesem Beitrag erfahren Sie, wie Sie sich optimal auf eine Betriebsprüfung vorbereiten, typische Fallstricke vermeiden und entspannt durch den Prüfungsprozess kommen. 

Was ist eine Betriebsprüfung? 

Eine Betriebsprüfung, auch Außenprüfung genannt, ist eine Überprüfung der steuerlichen Angelegenheiten eines Unternehmens durch das Finanzamt. Ziel der Prüfung ist es, die steuerlichen Angaben des Unternehmens auf Richtigkeit und Vollständigkeit zu überprüfen. Die Betriebsprüfung kann sich über mehrere Steuerarten (z. B. Einkommensteuer, Umsatzsteuer) und mehrere Jahre erstrecken. In der Regel umfasst die Außenprüfung den Zeitraum der letzten drei zusammenhängenden Jahre, die bereits veranlagt wurden. 

Für Apotheken sind Betriebsprüfungen besonders relevant, da hier mit hohen Bargeldumsätzen, Medikamentenabgaben und komplexen Buchführungsanforderungen gearbeitet wird. Dabei stehen nicht nur steuerliche Aspekte, sondern auch branchenspezifische Besonderheiten wie das Apotheken-Warenwirtschaftssystem, Rezeptabrechnungen und der Umgang mit Nachlässen oder Rabatten im Fokus. 

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Wann kommt es für Apotheken zur Außenprüfung? 

Die Auswahl für eine Betriebsprüfung erfolgt nach verschiedenen Kriterien, die von der Finanzverwaltung festgelegt werden. Typische Auslöser sind: 

1. Risikoorientierte Auswahl: Betriebe mit hohem Umsatz und Gewinn werden häufiger geprüft. Hierzu wird das Unternehmen einer Größenklasse zugeordnet. Die Kriterien zur Einteilung der Größenklassen werden vom Bundesfinanzministerium (BMF) vorgegeben.
2. Auffälligkeiten in den Steuererklärungen: Unstimmigkeiten, wie plötzlich stark schwankende Einnahmen, ziehen das Interesse des Finanzamts auf sich.
3. Branchenbesonderheiten: Apotheken gehören zu den Branchen, die aufgrund ihrer spezifischen Abrechnungssysteme und Bargeldgeschäfte besonders im Fokus stehen.
4. Betriebliche Sachverhalte, z. B.:
   • ständige Verluste 
   • hohe Teilwertabschreibungen 
   • Verträge mit Angehörigen 
   • hohe Rückstellungen 
   • Gründung, Umwandlung, Gesellschafterwechsel, Betriebsaufgabe oder -veräußerung (eine Betriebsprüfung ist auch dann noch zulässig, wenn der/die Steuerpflichtige seinen/ihren Betrieb bereits aufgegeben bzw. veräußert hat.) 
   • Geschäftsvorfälle mit außerordentlichem Charakter und überdurchschnittlichem Volumen, etwa die Veräußerung eines Teilbetriebs, der Erlass von Verbindlichkeiten in Sanierungsabsicht oder Bestandsveränderungen 
   • auffallend hoher Vorsteuerabzug 
   • komplizierte Auslandsverhältnisse 

Als Apothekeninhaber:in sollten Sie jederzeit mit einer Außenprüfung rechnen und entsprechend vorbereitet sein. 

Vorbereitung: Was wird während einer Betriebsprüfung in Apotheken geprüft? 

1. Ordnungsgemäße Buchführung, Lagerbestände und Warenbewegungen
   Die Grundlage jeder erfolgreichen Betriebsprüfung ist eine ordnungsgemäße Buchführung. Für Apotheken gelten hier besondere Anforderungen. Neben den klassischen Buchhaltungsunterlagen wie Belegen, Rechnungen und Kassenberichten ist das Apothekenbuch von zentraler Bedeutung. Im Apothekenbuch werden Warenbewegungen und Lagerbestände dokumentiert. Es sollte lückenlos geführt und regelmäßig aktualisiert werden. Auch der Umgang mit abgelaufenen oder zurückgesandten Medikamenten wird überprüft. Liegen neben der Abschreibung im Warenwirtschaftssystem die Vernichtungserklärungen der Händler:innen vor?
   Das Apothekenbuch wird in modernen Apotheken vom Warenwirtschaftssystem abgelöst. Das Warenwirtschaftssystem erleichtert die automatisierte Erfassung von Daten und sorgt für schnelle Verfügbarkeit von Informationen während der Betriebsprüfung. Diese Daten können von der Finanzverwaltung automatisiert ausgewertet werden. 

2. Nachlässe, Rabatte und Sonderaktionen
   Häufig werden in Apotheken Nachlässe oder Rabatte gewährt. Das Finanzamt prüft, ob diese korrekt erfasst wurden und ob ein Abgleich mit den Einnahmen des Warenwirtschaftssystem möglich ist.

3. Die Kassenführung
   Apotheken mit Bargeldgeschäften müssen eine manipulationssichere elektronische Kasse nutzen. Manuelle Aufzeichnungen oder nicht plausible Kassenberichte können zu Beanstandungen führen. Auf eine lückenlose Nummerierung und Richtigkeit der Aufzeichnung der Tagesabschlüsse (Z-Bons) ist besonders zu achten. 
   Privatentnahmen und Bareinlagen sind gesondert zu dokumentieren. 

4. Rezeptabrechnungen
   Rezeptabrechnungen mit Krankenkassen und Abrechnungszentren müssen nachvollziehbar und korrekt verbucht werden. Die Daten der Rezeptverrechnungsstellen werden durch Kalkulationen auf Plausibilität geprüft.
   Zudem sind Nachweise über die Zuordnung zu Rezepten (auf Basis der Warenwirtschaftsdaten) sowie der Umgang mit Retaxationen regelmäßig Gegenstand von Betriebsprüfungen.

Wie können Sie sich als Apotheker:in optimal auf eine Außenprüfung vorbereiten? 

Die richtige Vorbereitung auf die Steuerprüfung in Ihrer Apotheke ist entscheidend, um Beanstandungen zu vermeiden. Hier sind einige Maßnahmen, die Sie ergreifen sollten: 

1. Organisation Ihrer Unterlagen
   Ein gut organisiertes und lückenloses Ablagesystem spart im Prüfungsfall Zeit und Nerven. Stellen Sie sicher, dass alle relevanten Unterlagen für die Prüfungsjahre griffbereit und vollständig sind. Dazu gehören: 
   • Steuerbescheide 
   • vollständige Kassenberichte ohne Lücken 
   • eine ordnungsgemäße Dokumentation aller Wareneingänge und -ausgänge  
   • eine Archiv-CD des Warenwirtschaftssystem (entweder Sie erstellen diese oder fordern sie zeitnah beim Softwareanbieter an.) 
   • vollständige und fehlerfreie Rezeptabrechnungen 

2. Regelmäßige interne Überprüfung
   Regelmäßige interne Überprüfungen helfen, potenzielle Fehler frühzeitig zu erkennen. Diese sollten die folgenden Punkte umfassen: 
   • Kassensturz: Stimmen die Kassenberichte mit den tatsächlichen Bargeldeinnahmen überein? 
   • Rezeptabrechnungen: Sind alle Abrechnungen mit den Krankenkassen vollständig verbucht? 
   • Stimmen die Daten ihres Warenwirtschaftssystems mit den abgerechneten abgegeben Packungen durch die Rezeptverrechnungsstelle überein? Lassen sich etwaige Differenzen erklären?  
   • Überprüfung der Warenbestände auf Plausibilität 
   • Prüfung der Buchhaltung: Achten Sie auf Plausibilität und Vollständigkeit. Hinterfragen Sie automatisierte vorgegebene und standarisierte Verbuchungen. 

Ein:e Steuerberater:in mit Branchenkenntnissen und Kenntnissen in der Betriebsprüfung von Apotheken kann hier wertvolle Unterstützung leisten, indem sie bzw. er Ihre Unterlagen vorab auf mögliche Schwachstellen prüft und als Ansprechpartner:in während der Betriebsprüfung zur Verfügung steht.  

Checkliste: Was brauchen Sie für die nächste Betriebsprüfung in Ihrer Apotheke?

Eine Checkliste hilft Ihnen dabei, alle erforderlichen Unterlagen und Aufgaben im Blick zu behalten. Die folgenden wichtigen Punkte sollten gelistet sein: 

• Steuerbescheide und Steuererklärungen 
• Lückenlose Kassenberichte und Z-Bons  
• Wareneingangsbuch 
• Warenausgangsbuch 
• Rezeptabrechnungen mit den Krankenkassen 
• Verträge mit Großhändler:innen und Dienstleister:innen 
• Mietverträge und ausgeführte oder neu verhandelte Verlängerungsoptionen 
• Inventurprotokolle 
• Kassenzählprotokolle 
• Datensicherung des Warenwirtschaftssystem 
• Verfahrensdokumentationen

Ablauf der Außenprüfung in Apotheken 

1. Ankündigung der Betriebsprüfung
   Eine Betriebsprüfung wird schriftlich angekündigt. In diesem Schreiben finden Sie Informationen zum Prüfungszeitraum, zum Umfang der Prüfung und zum/zur zuständigen Prüfer:in. Die Ankündigung erfolgt meist einige Wochen vor dem geplanten Termin, sodass ausreichend Zeit für die Vorbereitung bleibt. Viele Finanzämter stimmen den Prüfungstermin mittlerweile vorab telefonisch mit Ihnen ab.
   
   Tipp: Informieren Sie sofort Ihre:n Steuerberater:in – sofern sie/er keine Empfangsvollmacht hat – und prüfen Sie, ob alle angeforderten Unterlagen vollständig und in Ordnung sind. Klären Sie den genauen Umfang der Prüfung und beantragen Sie zeitnah entsprechende Datensicherung aus Ihrem Warenwirtschaftssystem, falls diese nicht regelmäßig von Ihnen erstellt oder angefordert wird.  

2. Welche Unterlagen müssen bei einer Betriebsprüfung vorgelegt werden?
   Im Rahmen der Betriebsprüfung verlangt das Finanzamt verschiedene Unterlagen. Sofern der genaue Umfang nicht bereits aus der Anordnung hervorgeht, sprechen Sie den/die Prüfer:in an, ob alle Unterlagen bereitgestellt werden sollen oder ob Stichproben ausreichen.  

   Hier ist eine Übersicht der wichtigsten Dokumente: 

• Kassenberichte: Vollständige und nachvollziehbare Berichte aller Kassenvorgänge, inklusive Z-Bons und Stornobelegen. 
• GdPdU-Daten der Finanzbuchführung 
• Rezeptabrechnungen: Nachweise über Abrechnungen mit Krankenkassen und Abrechnungszentren sowie Retaxationen. 
• Verträge: Lieferantenverträge, Mietverträge, Dienstleistungsverträge 
• Warenwirtschaft: Dokumentation aller Wareneingänge, -ausgänge und Lagerbestände (in digitaler Form als Achiv-CD) 
• Inventurprotokolle und Zählnachweise 

  Es empfiehlt sich, Belege und Unterlagen systematisch mithilfe einer Software zu archivieren. 

3. Prüfungsbeginn und Besprechung
   Die Prüfung beginnt meist mit einem Einführungsgespräch, bei dem der/die Prüfer:in den Ablauf und die Schwerpunkte erläutert. Hier sollten Sie aufmerksam zuhören und Fragen klären. Typische Prüfungsschwerpunkte bei Apotheken sind: 
   • Kassenführung und Bargeldgeschäfte 
   • Rezeptabrechnungen 
   • Nachlässe und Rabatte 
   • Lagerbestände und Lagerbewertung 

     Tipp: Seien Sie beim Einführungsgespräch kooperativ und offen, aber vermeiden Sie es, unaufgefordert zusätzliche Informationen preiszugeben. 

     Neben dem Eröffnungsgespräch vereinbaren die Prüfer:innen in der Regel einen Termin zur Betriebsbesichtigung in der Apotheke. Laden Sie hierzu Ihre:n Steuerberater:in ein und geben Sie Ihrem Personal Bescheid, damit es nicht zu unangenehmen Überraschungen kommt. 

4. Durchführung der Betriebsprüfung
   Während der Betriebsprüfung analysiert der/die Prüfer:in die vorgelegten Unterlagen. Auffälligkeiten oder Unstimmigkeiten können zu Nachfragen führen, die Sie oder Ihr:e Steuerberater:in beantworten sollten. Bleiben Sie ruhig und sachlich, auch wenn der/die Prüfer:in Fehler feststellt.  

   Einige typische Fragestellungen bei Apotheken sind: 

   • Wurden alle Einnahmen korrekt verbucht? 
   • Gibt es Hinweise auf eine doppelte oder unterlassene Abrechnung von Rezepten? 
   • Ist der Lagerbestand sauber dokumentiert? 
   • Sind Stornierungsgründe angeben und Lagerbestandskorrekturen aufgeführt und korrekt dokumentiert? 
   • Wurden Rabatte und Nachlässe ordnungsgemäß dokumentiert? 

5. Abschlussbesprechung und Ergebnisse
   Nach Abschluss der Prüfung wird das Ergebnis in einer Abschlussbesprechung mitgeteilt. Dabei werden festgestellte Mängel und potenzielle Steuernachzahlungen diskutiert. In vielen Fällen können strittige Punkte bereits in diesem Gespräch geklärt werden.  

   Tipp: Protokollieren Sie die Besprechung und nehmen Sie strittige Punkte ernst. Eine sachliche Diskussion kann helfen, Steuernachzahlungen zu vermeiden oder zu reduzieren. Bleiben Sie ruhig und kooperativ. 

6. Prüfungsbericht
   Im Nachgang erhalten Sie den Prüfungsbericht. Hier werden die für die Besteuerung erheblichen Prüfungsfeststellungen und deren Beurteilung festgehalten. Mit der Übersendung des Prüfungsberichts gilt die Betriebsprüfung als abgeschlossen.  

   Sie können zu dem Prüfbericht Stellung nehmen, der Prüfbericht stellt jedoch keinen Verwaltungsakt dar. Sie haben deshalb nicht die Möglichkeit, gegen den Prüfbericht Einspruch einzulegen.  

   Sofern Sie mit den im Bericht getroffenen Feststellungen nicht einverstanden sind, müssen Sie auf die geänderten Steuerbescheide warten und gegen diese Einspruch einlegen.  

Welche Fallstricke gibt es bei der Betriebsprüfung in der Apotheke? 

Bei der Betriebsprüfung in Apotheken gibt es einige typische Fehlerquellen, die zu Beanstandungen führen können: 

1. Fehlerhafte oder unvollständige Kassenführung
   Eine unvollständige oder fehlerhafte Kassenführung ist einer der häufigsten Beanstandungspunkte bei Apotheken. Dazu gehören: 
   • unplausible Kassenberichte 
   • fehlende oder lückenhafte Z-Bons 
   • nicht dokumentierte Privatentnahmen 
   • nicht nachvollziehbare Stornierungen und fehlerhafte Bedienungen des Kassensystems 
   • fehlerhafte Schnittstellen 

2. Probleme bei Rezeptabrechnungen
   Die Abrechnung von Rezepten ist komplex und unterliegt strengen Anforderungen. Typische Fehler sind: 
   2. fehlende oder falsche Verbuchung von Einnahmen aus der Rezeptverrechnungsstelle 
   3. nicht korrekte Erfassung der gezahlten Eigenleistung (Rezeptzuzahlungen) 
   4. nicht berücksichtigte Retaxationen der Krankenkassen 

3. Lagerbestandsprobleme
   Unstimmigkeiten bei den Lagerbeständen können auf nicht verbuchte Einnahmen oder Verluste hindeuten. Sorgen Sie dafür, dass Ihre Warenbewegungen und Inventuren korrekt dokumentiert sind. 
   Nehmen Sie regelmäßige Stichproben bei einer Permanentinventur vor und dokumentieren Sie diese. 

4. Fehlende bzw. nicht angepasste Verfahrensdokumentation 

   Die Verfahrensdokumentation ist bereits seit einigen Jahren verpflichtend und wird vermehrt bei Betriebsprüfungen angefordert. Sie gewinnt an immer mehr Bedeutung und wird aufgrund der immer weiter voranschreitenden Digitalisierung unverzichtbar, um die digital abgebildeten Prozesse zu verstehen und nachvollziehen zu können. Ein Fehlen einer solchen Dokumentation kann zu erheblichen Steuernachforderungen führen. Sie ist Teil einer ordnungsgemäßen Buchführung. 

   Viele Softwarebetreiber:innen bieten allgemeine, vorgefertigte Verfahrensdokumentationen an. Prüfen Sie diese und passen Sie sie auf Ihren individuellen Ablauf an. Werden sie nicht angepasst, kommt es zu falschen Annahmen und falschen Schlussfolgerungen durch die Prüfer:innen, die ggf. nur mit viel Aufwand widerlegt werden können. 

Tipps für eine stressfreie Prüfung: Steuernachzahlungen und Strafen vermeiden 

Eine Betriebsprüfung ist kein Grund zur Panik, wenn Sie sich gut vorbereiten. Hier einige Tipps, um entspannt durch die Prüfung zu kommen: 

• Frühzeitig informieren: Prüfen Sie die Ankündigung der Prüfung genau und klären Sie offene Fragen mit den Prüfer:innen oder Ihrem/Ihrer Steuerberater:in. Arbeiten Sie eng mit Ihrem/Ihrer Berater:in zusammen, um mögliche Risiken zu minimieren. 
• Unterlagen griffbereit halten: Sorgen Sie dafür, dass alle geforderten Dokumente vollständig und geordnet vorliegen. 
• Professionelle Software: Nutzen Sie digitale Tools, um Ihre Buchführung und Dokumentation zu optimieren.
• Setzen Sie auf ein modernes Warenwirtschaftssystem. 
• Schulung des Teams: Sorgen Sie dafür, dass alle Mitarbeiter:innen die Bedeutung einer ordnungsgemäßen Kassenführung und deren Dokumentation verstehen. Gehen Sie sicher, dass Ihr Warenwirtschaftssystem korrekt von allen Mitarbeiter:innen angewendet wird und vermeiden Sie nicht erklärbare Bedienungsfehler. Halten Sie Ihr Personal dazu an, Bedienungsfehler mit Zeit und Kassennummer so ausführlich wie möglich zu dokumentieren.  

Unsere Einschätzung zur Betriebsprüfung in Apotheken 

Als Apothekeninhaber:in sollten Sie Ihre Buchhaltung regelmäßig überprüfen, für eine lückenlose Dokumentation sorgen und bei Unsicherheiten frühzeitig professionelle Unterstützung in Anspruch nehmen. 

Wir empfehlen, sich regelmäßig mit Ihrem/Ihrer Steuerberater:in auszutauschen und mögliche Schwachstellen in Ihrer Buchführung zu identifizieren. Ein:e erfahrene:r Steuerberater:in, der die Besonderheiten Ihrer Branche kennt, kann Ihnen nicht nur bei der Vorbereitung, sondern auch während der Prüfung selbst eine wertvolle Unterstützung bieten. So können Sie gelassen bleiben und sich auf das Wesentliche konzentrieren: die Versorgung Ihrer Kund:innen. 

Betrachten Sie die Betriebsprüfung als eine Chance, Ihre Prozesse zu verbessern – mit der richtigen Vorbereitung und den passenden Expert:innen an Ihrer Seite. Wenn Sie Fragen zu dem Thema haben, wenden Sie sich vertrauensvoll an Steuerberaterin Julia Wittwer aus dem Bereich der Heilberufe.