E-Rechnungspflicht 2027: Warum Apotheken jetzt ihre Verfahrensdokumentation prüfen müssen

Ab dem 1. Januar 2027 wird die E-Rechnung für den B2B-Bereich in Deutschland verpflichtend.  Das bedeutet: Rechnungen zwischen Unternehmen – also auch zwischen Apotheken, Lieferanten oder Dienstleistern – müssen künftig in einem strukturierten, elektronischen Format (z. B. XRechnung oder ZUGFeRD 2.x) übermittelt werden.  Dieser Beitrag entstand in Kooperation mit ApoAssist.

Die E-Rechnung ist kein einfaches PDF mehr, sondern eine datenbasierte Datei, die maschinell ausgelesen werden kann. Sie enthält steuerrelevante Informationen in einem klar definierten Datensatz.  

Die neue E-Rechnungspflicht – was sich für Apotheken ändert  Ab 2027 gilt für Apotheken:  

• Eingangs- und Ausgangsrechnungen müssen digital verarbeitet und archiviert werden.  
• Papier- oder PDF-Rechnungen sind nicht mehr zulässig.  
• Nur ordnungsgemäße E-Rechnungen berechtigen zum Vorsteuerabzug.  

Damit verbunden ist eine erhebliche Umstellung in der täglichen Buchhaltung und ein stärkerer Fokus auf transparente, dokumentierte Prozesse.  

Lesen Sie alles Wichtige zur E-Rechnung: 
E-Rechnung 2025: BMF-Entwurf vom 25. Juni mit Klarstellungen 

Warum die E-Rechnung zur Stolperfalle beim Vorsteuerabzug werden kann 

Mit der E-Rechnungspflicht verschärft sich die Umsatzsteuerprüfung erheblich.  Denn die Finanzverwaltung erhält durch die digitale Struktur automatisch auswertbare Daten. Schon kleinste formelle Fehler in einer E-Rechnung – z. B. falsches Format, fehlende Pflichtangaben oder unzulässige PDF-Rechnungen – können dazu führen, dass der Vorsteuerabzug versagt wird. Diese Risiken drohen regelmäßig im Rahmen einer Umsatzsteuer-Sonderprüfung.  

Dabei konzentrieren sich Prüfer: innen auf:    

• die formelle Richtigkeit der Eingangsrechnungen,  
• den elektronischen Empfangsprozess,  
• und die steuerliche Behandlung der digital übermittelten Daten.  

Um den Vorsteuerabzug rechtssicher geltend zu machen, müssen Apotheken künftig jeden Schritt der E-Rechnungsverarbeitung nachweisen können – und genau hier spielt die Verfahrensdokumentation eine zentrale Rolle.   

Warum ist die Anpassung der Verfahrensdokumentation jetzt so wichtig?  

Mit der E-Rechnungspflicht rückt die Dokumentation stärker in den Fokus der Betriebsprüfung. Die Verfahrensdokumentation ist das Rückgrat der digitalen Buchführung.  Sie beschreibt, wie steuerrelevante Daten in der Apotheke erfasst, verarbeitet, gespeichert und archiviert werden – also auch, wie E-Rechnungen in den betrieblichen Ablauf integriert sind.    

Fehlt diese Dokumentation oder ist sie unvollständig, kann das Finanzamt nicht nachvollziehen, ob die Buchführung konform mit den „Grundsätzen zur ordnungsmäßigen Führung und Aufbewahrung von Büchern, Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form" (GoBD) sind. 
In einer Betriebsprüfung kann das dazu führen, dass die Ordnungsmäßigkeit der gesamten Buchführung verworfen wird – auch dann, wenn alle Zahlen inhaltlich korrekt sind.    

Die GoBD  fordern deshalb eine vollständige, individuelle und aktuelle Verfahrensdokumentation. 

Anforderungen der GoBD – was in die Dokumentation gehört  

Gemäß GoBD muss die Verfahrensdokumentation folgende Punkte enthalten:  

• Beschreibung der eingesetzten IT-Systeme (z. B. Apothekensoftware, Warenwirtschaft, Kassensystem, Buchhaltung)  
• Darstellung der Abläufe und Verantwortlichkeiten  
• Beschreibung der Datenverarbeitung und -sicherung  
• Regelungen zur Änderungs- und Zugriffsverwaltung  
• Verfahren zur Archivierung und Revisionssicherheit  

Wichtig: Das Finanzamt akzeptiert keine Standardvorlagen oder Muster von Softwareanbietern.  Jede Apotheke muss ihre Dokumentation individuell anpassen und die tatsächlichen Abläufe vor Ort abbilden.  Unveränderte Muster gelten als formell unzureichend – und können bei einer Prüfung zu Beanstandungen führen.  

Lesen Sie alles zu den E-Rechnungs-bedingten GoBD-Änderungen: 
GoBD-Änderungen: Neue Pflichten für Unternehmen   

Wie müssen E-Rechnungen in der Verfahrensdokumentation behandelt werden? 

Mit der Einführung der E-Rechnungspflicht ist es zwingend erforderlich, den gesamten E-Rechnungsprozess in der Verfahrensdokumentation zu beschreiben.  

Die Dokumentation muss folgende Fragen beantworten:   

• Wie werden E-Rechnungen empfangen (z. B. per E-Mail, Plattform oder API)?  
• Wer prüft sie inhaltlich und steuerlich?  
• Wie werden sie in die Buchführung übernommen und freigegeben?  
• Wie und wo werden sie revisionssicher archiviert?  
• Wie wird mit fehlerhaften oder stornierten E-Rechnungen umgegangen?  

Nur wenn diese Abläufe transparent beschrieben sind, kann das Finanzamt die Nachvollziehbarkeit und Unveränderbarkeit der digitalen Daten anerkennen. 
Fehlt diese Beschreibung, gilt der E-Rechnungsprozess als nicht prüfbar, und die Buchführung kann formell beanstandet werden.  

Welche Folgen hat eine fehlende oder unzureichende Verfahrensdokumentation? 

Fehlt die Dokumentation oder ist sie nicht individuell auf die Apotheke abgestimmt, drohen im Rahmen einer Betriebsprüfung schwerwiegende Konsequenzen:  

• Verwerfung der Buchführung wegen formeller Mängel (§ 158 AO)  
• Schätzung von Umsätzen und Gewinnen  
• Zinsnachforderungen nach § 233a AO  
• Erhöhtes Risiko einer Nachschau oder Sonderprüfung  

Hinzu kommt:  Wird im Rahmen einer Umsatzsteuer-Sonderprüfung festgestellt, dass die E-Rechnungsverarbeitung nicht nachvollziehbar dokumentiert ist, kann das Finanzamt den Vorsteuerabzug verweigern – selbst wenn die Rechnung formal korrekt ist. 

Eine fehlende oder veraltete Verfahrensdokumentation gefährdet somit sowohl die Ordnungsmäßigkeit der Buchführung als auch den steuerlichen Vorteil aus dem Vorsteuerabzug. 

Tipps für die Praxis: Wie Apotheken die Umstellung auf E-Rechnungen gelingt 

1. E-Rechnungsprozesse dokumentieren: Beschreiben Sie detailliert, wie E-Rechnungen empfangen, geprüft, gebucht und archiviert werden.  
2. Verantwortlichkeiten festlegen: Wer ist für Prüfung, Freigabe und Archivierung zuständig?  
3. Muster individuell anpassen: Standard-Vorlagen von Software-Anbietern müssen an die betrieblichen Abläufe angepasst werden.  
4. Regelmäßig aktualisieren: Bei Systemwechseln oder Prozessänderungen die Dokumentation sofort anpassen.  
5. Selbstprüfung vor der nächsten Betriebsprüfung: Testen Sie, ob Ihre Dokumentation vollständig und nachvollziehbar ist.  
6. Externe Unterstützung nutzen: Steuerberater: innen oder IT-Expert: innen können helfen, GoBD-konforme Prozesse sicherzustellen.  

Korrekte E-Rechnung und vollständige Verfahrensdokumentation – wie Sie doppelt profitieren können 

Die E-Rechnungspflicht ist nicht nur ein technisches Thema – sie verändert die gesamte Buchhaltungspraxis in Apotheken. 
Wer seine Verfahrensdokumentation frühzeitig anpasst, schafft Transparenz, Rechtssicherheit und vermeidet teure Überraschungen bei der nächsten Prüfung. Denn:  

• Ohne korrekte E-Rechnung kein Vorsteuerabzug.  
• Ohne vollständige Verfahrensdokumentation keine ordnungsgemäße Buchführung.  

Apotheken, die beide Themen strategisch miteinander verknüpfen, profitieren doppelt:  Sie erfüllen die gesetzlichen Anforderungen und optimieren gleichzeitig ihre internen Abläufe.  

Haben Sie Fragen zur E-Rechnungspflicht? Steuerberaterin Julia Wittwer unterstützt Sie gerne bei der Erstellung, Überarbeitung oder Prüfung Ihrer Verfahrensdokumentation – praxisnah und apothekenspezifisch. Nehmen Sie einfach Kontakt auf. 

Mit ApoAssist gestalten Sie Ihre Prozesse effizient, sicher und zukunftsfähig. ApoAssist unterstützen Sie beim Aufbau eines digitalen Backoffice, das Datenschutz, IT-Sicherheit und GoBD-Anforderungen optimal vereint.

Von der Analyse bestehender Abläufe über die Einführung passender digitaler Lösungen bis hin zur nahtlosen Integration in Ihre Arbeitsabläufe: ApoAssist begleitet Sie auf dem Weg zu einer modernen Apotheke, die digitale Chancen nutzt und im Alltag spürbar entlastet.